ਜਦੋਂ ਬਾਦਸ਼ਾਹ ਔਰੰਗਜ਼ੇਬ ਦੀ ਫ਼ੌਜ ਨੇ ਚਮਕੌਰ ਸਾਹਿਬ ਦੇ ਕਿਲ੍ਹੇ 'ਤੇ ਹਮਲਾ ਕੀਤਾ, ਤਾਂ ਸ੍ਰੀ ਗੁਰੂ ਗੋਬਿੰਦ ਸਿੰਘ ਜੀ ਨੇ ਉਨ੍ਹਾਂ ਦੇ ਹਮਲੇ ਦਾ ਸਫਲਤਾਪੂਰਵਕ ਟਾਕਰਾ ਕੀਤਾ ਅਤੇ ਮਾਛੀਵਾੜੇ ਦੇ ਜੰਗਲਾਂ ਵਿੱਚ ਨਿਕਲ ਗਏ। ਮੁਗ਼ਲ ਫ਼ੌਜਾਂ ਨੇ ਪਿੱਛਾ ਕੀਤਾ।
ਅੱਜ 4 ਇਤਿਹਾਸਕ ਸਿੱਖ ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਉਸ ਘਟਨਾ ਦੀ ਯਾਦ ਸੰਭਾਲੀ ਬੈਠੇ ਹਨ ਜਦੋਂ ਆਪਣੇ ਦੋ ਪੁੱਤਰ ਹੁਣੇ ਗੁਆ ਚੁੱਕੇ ਸ੍ਰੀ ਗੁਰੂ ਗੋਬਿੰਦ ਸਿੰਘ ਜੀ ਮਾਛੀਵਾੜੇ ਦੇ ਜੰਗਲਾਂ ਵਿੱਚ ਆਏ।
ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਸ੍ਰੀ ਚਰਨ ਕੰਵਲ ਸਾਹਿਬ ਉਸ ਬਾਗ਼ ਦੀ ਥਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ ਜਿੱਥੇ ਸ੍ਰੀ ਗੁਰੂ ਗੋਬਿੰਦ ਸਿੰਘ ਜੀ ਪਾਣੀ ਪੀਣ ਅਤੇ ਆਰਾਮ ਲਈ ਸਭ ਤੋਂ ਪਹਿਲਾਂ ਰੁਕੇ। ਇੱਥੇ ਹੀ ਭਾਈ ਦਇਆ ਸਿੰਘ, ਭਾਈ ਧਰਮ ਸਿੰਘ ਅਤੇ ਭਾਈ ਮਨੀ ਸਿੰਘ (ਮਾਛੀਵਾੜੇ ਦੇ ਕੰਡਿਆਲੇ ਜੰਗਲ ਦੇ ਔਖੇ ਸਫ਼ਰ ਤੋਂ ਬਾਅਦ) ਗੁਰੂ ਦੀ ਯੋਜਨਾ ਅਨੁਸਾਰ ਗੁਰੂ ਗੋਬਿੰਦ ਸਿੰਘ ਨਾਲ ਮੁੜ ਆ ਮਿਲੇ। ਜਿਸ ਖੂਹ ਤੋਂ ਗੁਰੂ ਗੋਬਿੰਦ ਸਿੰਘ ਨੇ ਪਾਣੀ ਪੀਤਾ ਉਹ ਅੱਜ ਵੀ ਮੌਜੂਦ ਹੈ ਅਤੇ ਆਉਣ ਵਾਲੀਆਂ ਸੰਗਤਾਂ ਨੂੰ ਪਾਣੀ ਪਿਲਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਜਿਸ ਜੰਡ ਦੇ ਰੁੱਖ ਹੇਠ ਗੁਰੂ ਜੀ ਨੇ ਆਰਾਮ ਕੀਤਾ ਉਹ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਸਾਹਿਬ ਦੇ ਖੱਬੇ ਪਾਸੇ ਹੈ। ਇੱਥੇ ਹੀ ਗੁਰੂ ਜੀ ਨੇ ਸ਼ਬਦ 'ਮਿਤ੍ਰ ਪਿਆਰੇ ਨੂੰ' ਗਾਇਨ ਕੀਤਾ।
ਇਸ ਪਵਿੱਤਰ ਅਸਥਾਨ ਦੀ ਮੁੱਖ ਇਮਾਰਤ ਵਿੱਚ ਹੇਠਲੀ ਮੰਜ਼ਿਲ 'ਤੇ ਇੱਕ ਚੌਰਸ ਹਾਲ ਹੈ, ਜਿਸ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਚੌਰਸ ਪਵਿੱਤਰ ਅਸਥਾਨ ਹੈ ਜਿੱਥੇ ਗੁਰੂ ਗ੍ਰੰਥ ਸਾਹਿਬ ਜੀ ਬਿਰਾਜਮਾਨ ਹਨ। ਦੂਜੀ ਮੰਜ਼ਿਲ 'ਤੇ ਪਵਿੱਤਰ ਅਸਥਾਨ ਦੇ ਉੱਪਰ ਬਣੇ ਗੁੰਬਦਦਾਰ ਮੰਡਪ ਵਿੱਚ ਗੁਰੂ ਗੋਬਿੰਦ ਸਿੰਘ ਜੀ ਦੀ ਸੌਣ-ਮੁਦਰਾ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਵੱਡੀ ਤਸਵੀਰ ਹੈ। ਇਸ ਮੰਜ਼ਿਲ 'ਤੇ ਸਜਾਵਟੀ ਗੁੰਬਦਦਾਰ ਮੰਡਪ ਵੀ ਹਨ, ਜੋ ਕੋਨਿਆਂ 'ਤੇ ਚੌਰਸ ਅਤੇ ਕੰਧਾਂ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰਲੇ ਬਿੰਦੂਆਂ 'ਤੇ ਆਇਤਾਕਾਰ ਹਨ।
ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਦੇ ਪੱਛਮ ਵੱਲ ਇੱਕ ਆਇਤਾਕਾਰ ਸਰੋਵਰ 1970 ਦੇ ਦਹਾਕੇ ਵਿੱਚ ਬਣਵਾਇਆ ਗਿਆ। ਇਸ ਨੂੰ ਪਾਣੀ ਦੀ ਸਪਲਾਈ ਇੱਕ ਪੁਰਾਣੇ ਖੂਹ ਤੋਂ ਹੁੰਦੀ ਹੈ, ਜਿਸ ਬਾਰੇ ਮੰਨਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਇਹ ਉਹੀ ਹੈ ਜੋ ਅਠਾਰ੍ਹਵੀਂ ਸਦੀ ਦੇ ਸ਼ੁਰੂ ਵਿੱਚ ਬਾਗ਼ ਨੂੰ ਸਿੰਜਦਾ ਸੀ। ਗੁਰਦੁਆਰੇ ਦਾ ਪ੍ਰਬੰਧ ਸ਼੍ਰੋਮਣੀ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਪ੍ਰਬੰਧਕ ਕਮੇਟੀ ਇੱਕ ਸਥਾਨਕ ਕਮੇਟੀ ਰਾਹੀਂ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਗੁਰਦੁਆਰਾ ਸ੍ਰੀ ਚੁਬਾਰਾ ਸਾਹਿਬ ਮਾਛੀਵਾੜਾ ਦਾ ਪ੍ਰਬੰਧ ਵੀ ਵੇਖਦੀ ਹੈ। ਹਰ ਸਾਲ ਦਸੰਬਰ ਵਿੱਚ, 8 ਅਤੇ 9 ਪੋਹ ਨੂੰ, ਜਦੋਂ ਗੁਰੂ ਜੀ ਮਾਛੀਵਾੜੇ ਵਿੱਚ ਠਹਿਰੇ ਸਨ, ਇੱਕ ਸਾਲਾਨਾ ਜੋੜ ਮੇਲਾ ਲੱਗਦਾ ਹੈ।